ChemBio 3D Ultra 14是ChemOffice中的一个重要组件,也是一个重要的化学结构演示工具。在ChemBio 3D窗口中,你可以建立、旋转ChemBio 3D模型以及获取空间位阻能等操作,本节内容将教授各位
在ChemBio 3D模型中,因分子中靠近反应中心的原子和基团各占有一定的空间位置,降低分子反应活性的空间效应就称为“空间位阻能”。空间位阻又称立体效应,重要指分子中某些原子或基团彼此接近而引起的空间阻碍和偏离正常键角而引起的分子内的张力。
在交错、重叠的结构组成中,连接在碳上的氢原子间是以相互保持最大的距离而存在的,体现出整体的能量最小,这也是乙烷模型最稳定的结构状态。为了计算该测量结果,可以计算该结构的空间位阻能量,然后与已经确认过的较高能量结构相比较。空间位阻能的获得过程如下:
1、本次实例以乙烷模型为例,获取能量之前要在ChemBio 3D窗口建立乙烷模型,如何建立乙烷模型请参考教你利用ChemBio 3D键工具建立乙烷模型。然后选择Calculations菜单栏下MM2菜单中的Compute Properties命令,此时出现Compute Properties对话框如下图所示:
2、在对话框中单击Run。此时乙烷能量信息表出现在ChemBio 3D窗口的最下方,调整后如下图所示:
【温馨提示】这里计算出的能量值是近似的,其数值大小也依赖于计算所用的处理器类型。
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利用ChemBio 3D软件我们可以使用其中的建工具绘制化学物质的ChemBio 3D模型,也可以使,下面本文将为大家介绍用ChemBio 3D软件的建工具绘制乙烷的ChemBio 3D模型并计算空间位阻能。(分子中靠近反应中心的原子和基团各占有一定的空间位置,降低分子反应活性的空间效应就称为“空间位阻能”。)
一、利用ChemBio 3D键工具建立乙烷模型:
1、选择“单键”工具;
2、用鼠标键指向模型窗口;
3、按下鼠标键,再向右按动并释放鼠标键。一个带有相匹配氢的乙烷模型出现。如图1所示
温馨提示:氢原子已经自动加入,称作Rectify并被控制在Model Building控制板上。
3.释放鼠标键后,注意模型如何重新适合模型窗口的位置,是由Model Building控制板上的“Fit Model to Window”复选项控制的。如图2所示
二、计算乙烷模型空间位阻能方法
2、在对话框中单击“Run”。此时乙烷能量信息表出现在ChemBio 3D窗口的最下方,调整后如图4所示:
温馨提示:这里计算出的能量值是近似的,其数值大小也依赖于计算所用的处理器类型。